Jest wychowanką Młodzieżowego Ogniska Machulskich przy Teatrze Ochota oraz absolwentką VII LO im. J. Słowackiego i Instytutu Stosowanych Nauk Społecznych na Uniwersytecie Warszawskim.

​

Na ekranie zadebiutowała w wieku 12 lat w „Kochankach mojej mamy” Radosława Piwowarskigo. Dużą popularność przyniósł jej udział w pierwszej polskiej telenoweli „W labiryncie”, wcieliła się w rolę zbuntowanej pasierbicy jednego z głównych bohaterów, granego przez Marka Kondrata.

​

W latach 90. grała role epizodyczne w filmach polskich i francuskich oraz w wielu serialach, a także gościnnie występowała w Teatrach Ochoty i Powszechnym. W tym czasie zatrudniła się również w Agencji Aktorskiej Jerzego Gudejki, gdzie pracuje do dziś. Jest agentką m.in. Andrzeja Chyry.

Przełomem w jej życiu zawodowym było spotkanie z Krzysztofem Krauze, który w 2000 roku obsadził ją w jednej z głównych ról w swoim filmie „Sieć” z cyklu „Wielkie rzeczy”. Wystąpiła również – w epizodach – w jego „Długu” oraz „Moim Nikiforze”.

​

W 2005 r. Krzysztof Krauze oraz Joanna Kos-Krauze z myślą o niej napisali scenariusz filmu „Plac Zbawiciela”. Budnik zagrała kobietę upokarzaną i gnębioną przez męża i teściową. Jej rola spotkała się z entuzjastycznym przyjęciem przez większość krytyków oraz jurorów 31. Festiwalu Polskich Filmów Fabularnych w Gdyni, którzy przyznali jej nagrodę za pierwszoplanową rolę żeńską.

​

W listopadzie 2013 premierę miał nowy film Joanny i Krzysztofa Krauze „Papusza”, Jowita Budnik zagrała w nim tytułową rolę.

​

Jowita Budnik gra jedną z głównych ról kobiecych w filmie "Ptaki śpiewają w Kigali" Joanny Kos-Krauze i Krzysztofa Krauzego. Obraz znalazł się w Konkursie Głównym 42. Festiwalu Filmów Fabularnych w Gdyni.